تأسست كلية الصيدلة في الجامعة الوطنية الخاصة عام 2017 ورغم حداثة عهدها إلا أنها سباقة في تطوير التعليم الصيدلي في سوريا فكانت أول كلية خاصة في سورية تنتهج التعليم هدفا لها بصرف النظر عن أي شيء آخر حيث أقامت الدورات المجانية كذلك انتهجت برنامجا فعليا تطبيقياً لتدريب الطلبة على الواقع الصيدلاني وقد حققت هذا من خلال نخبة من الأساتذة الجامعيين الذين يشرفون على دراسة الطلاب النظرية والعملية ضمن أحدث المختبرات.

كما تدعم كلية الصيدلة في الجامعة الوطنية الخاصة البحث العلمي فهي مزودة بأحدث المخابر وأجهزة البحث العلمي وقد وفرت جميع الأدوات البحثية والأجهزة العلمية الحديثة وواكبت كل ماهو جديد في البحث العلمي التطبيقي مما أسهم في زيادة عدد البحوث المنشورة دولياً وحصول الكلية على ترتيب متقدم في التصنيف الوطني.

الرسالة والرؤية:

إمداد المجتمع المحلي والإقليمي بصيادلة ذوي كفاءة عالية ومهارات مهنية متميزة وقيم أخلاقية تسهم في تطوير الصناعات الدوائية وتحقيق جودة الدواء وتحسين الخدمات الصحية بالمجتمع وذلك عن طريق تطوير وتحديث البرامج الأكاديمية وطرق التعليم والتعلم وتطبيق وتطوير التعليم الصيدلاني المستمر، والارتقاء بالبحث العلمي، وتحقيق التعاون العلمي بين الكلية ومختلف المؤسسات الدوائية والعلمية والبحثية وكليات الصيدلة داخل وخارج الجمهورية العربية السورية بهدف تطوير البحث العلمي والدراسات العليا.

أهداف كلية الصيدلة:

• إمداد المجتمع بصيادلة مؤهلين بالمعارف المتخصصة والمهارات والقيم الأخلاقية.
• دعم البحث العلمي والمشاركة في المشروعات البحثية والنهوض بالبحوث العلمية التي تسهم في تطور العلوم الصيدلية، والتعاون مع مختلف المؤسسات الصحية والدوائية بما يضمن تحقيق شعار ربط الجامعة بالمجتمع.

تبني معايير أكاديمية تحقق رسالة ورؤية الكلية.

• رفع كفاءة العملية التعليمية والتحديث المستمر للمناهج والمقررات الدراسية وتطوير طرق التعليم والتعلم الذاتي باستخدام التقنيات التعليمية المتطورة.
• تنمية قدرات أعضاء هيئة التدريس والجهاز الإداري والعاملين بالكلية للقيام بمهامهم العلمية والبحثية.

مخابر الكلية:

• مخبر الفيزياء.
• مخبر الكيمياء.
• مخبر التشريح العام.
• مخبر البيولوجيا الحيوانية. 
• مخبر البيولوجيا النباتية.
• مخبر الفيزيولوجيا.
• مخبر الصيدلانيات 1.
• مخبر الصيدلانيات 2.
• مخبر العقاقير.
• مخبر الكيمياء التحليلية الصيدلانية.
• مخبر الكيمياء العضوية 1.
• مخبر الكيمياء العضوية 2.
• مخبر الكيمياء العامة.